A Lei Federal 11.941, de 27 de maio de 2009, fruto da conversão da Medida Provisória 449/08, trouxe mudanças significativas na legislação tributária e na própria MP que lhe deu origem, entre as quais destacam-se:

1) Compensação de tributos federais

Não foi confirmada a vedação, antes existente na MP 449/08, à compensação de créditos tributários já existentes com valores de IRPJ e CSLL devidos mensalmente por estimativa ou com base em balanços de suspensão/redução. O mesmo se deu com a compensação com débitos abaixo de R$ 500 e com o "carnê-leão", devido pelas pessoas físicas sobre rendimentos recebidos de outras pessoas físicas do exterior.

2) Parcelamento de débitos administrados pela Receita Federal do Brasil e débitos com a PGFN

Poderão ser parcelados os débitos vencidos até 30 de novembro de 2008, constituídos ou não, inscritos ou não em dívida ativa ou em fase de execução, objeto de parcelamento anterior, não integralmente quitado, ainda que cancelado por falta de pagamento.

Pessoa Física: poderá parcelar débitos devidos pela pessoa jurídica quando revestir a qualidade de contribuinte responsável pelo débito (sócio, gerentes, administradores) ou efetuar o pagamento sem a necessidade de anuência.

Pessoa Jurídica/Física: poderá parcelar em até 180 meses (antes o prazo era de 60 meses) os débitos administrados pela RFB, PGFN e contribuições previdenciárias incidentes sobre a folha de pagamento e do próprio empregado (retenção parte empregado), bem como saldo remanescente do REFIS, PAES e PAEX.

O contribuinte indicará os débitos, que poderão ser parcelados, inclusive o saldo do parcelamento concedido nos termos da MP 449, da seguinte forma:

Já os débitos do REFIS, PAES e PAEX poderão ser parcelados da seguinte forma:

Os valores devidos no parcelamento a título de multa, de mora ou de ofício, e os juros moratórios, poderão ser liquidados com a utilização de prejuízos fiscais e de base de cálculo negativa da CSLL, mediante a aplicação das alíquotas correspondentes desses tributos.

A opção pelo pagamento à vista ou parcelamento deverá ser efetivado até o último dia útil do sexto mês subsequente ao da publicação da Lei 11.941/09.

3) O ajuste no imposto a pagar, relativo aos trimestres do ano-calendário de 2008, para as pessoas jurídicas tributadas com base no lucro trimestral (real ou presumido) foi transferido para o dia 30 de junho de 2009 (e não mais 31 de janeiro de 2009, como previa a MP 449/08);

4) Deixou de existir a hipótese de a intimação por meio eletrônico considerar-se feita na data em que o sujeito passivo efetuar consulta no endereço eletrônico a ele atribuído pela administração tributária;

5) Não vingou a ideia de poupar, aos julgadores do Conselho Administrativo de Recursos Fiscais (CARF), a decisão sobre matérias de baixa complexidade (conceito, de resto, subjetivo) e recorrentes (uma tendência confirmada pela redação, dada pela MP, ao artigo 26-A do Decreto, que previa a possibilidade de emissão de súmulas de decisões reiteradas e uniformes, item igualmente não confirmado na conversão em lei);

6) O valor da contribuição previdenciária de 11%, a ser destacada na nota fiscal ou fatura de prestação de serviços que envolva cessão de mão-de-obra, poderá ser compensado por qualquer estabelecimento da empresa cedente (e não mais apenas pelo estabelecimento prestador), por ocasião do recolhimento das contribuições destinadas à Seguridade Social devidas sobre a folha de pagamento dos seus segurados;

7) Ainda que ocorra recusa ou sonegação de qualquer documento ou informação, ou sua apresentação deficiente, na fiscalização de contribuições previdenciárias, mantém-se a obrigação do fisco de embasar com solidez o lançamento. A MP 449 previa a transferência do ônus da prova em contrário para a empresa ou o segurado;

8) Contribuições previdenciárias devidas com base em sentença ou acordo em ação trabalhista devem ser pagas no mesmo prazo dos créditos encontrados em liquidação de sentença ou em acordo homologado. Nesse último caso, o recolhimento será feito em tantas parcelas quantas previstas no acordo, nas mesmas datas em que sejam exigíveis e proporcionalmente a cada uma delas. Na MP, esse prazo ia até o dia 10 do mês seguinte ao da sentença ou acordo, independente do prazo de pagamento das verbas;

9) Altera-se a base de cálculo na hipótese de acordo em ação trabalhista, passando aquela a ser o valor a ser efetivamente pago à parte vencedora em razão de acordo realizado (e não mais o valor total devido na sentença);

10) Vedou-se a extensão do conceito de remuneração indireta, pretendido pelo governo, a determinadas vantagens concedidas, principalmente, aos indivíduos que prestam serviços através de pessoas jurídicas por eles constituídas, visando menor impacto fiscal;

11) Autorizada a compensação de créditos declarados inconstitucionais em sentença judicial transitada em julgado a favor do contribuinte, ou objeto de súmula vinculante aprovada pelo STF;

12) Restabelecida a possibilidade de parcelamento de débito discutido em juízo, com o levantamento do depósito eventualmente feito, que a MP 449 pretendia limitar;

Além disso, foram vetados dispositivos constantes da MP, ou introduzidos na tramitação desta no Congresso, dentre eles:

- A previsão de que os ajustes de avaliação a valor justo de ativos, ou a valor presente de ativos e passivos, não tivesse efeito fiscal;

- A possibilidade de recurso à Câmara Superior de Recursos Fiscais, no caso de decisão não-unânime contrária à lei ou a evidência da prova, ou de provimento a recurso de ofício.  A justificativa é que a CSRF deve ter "como único foco a unificação da interpretação das normas tributárias", cabendo-lhe analisar, apenas, os recursos em caso de decisão tributária com interpretação divergente dentro do CARF;

- A possibilidade de transferência de créditos de PIS e Cofins não-cumulativos, acumulados trimestralmente, a pessoas jurídicas controladoras, controladas ou coligadas; e

- A utilização da penhora online contra micro, pequenas e médias empresas apenas em último caso, após o exaurimento de todos os demais meios executivos. Alegou-se, inclusive, a necessidade de respeito ao artigo 5º, inciso LXXVIII da Constituição (direito à celeridade do processo).